被告无权擅自从工程款中扣除。依据《合同法》，被告违约应承担责任，我方有权要求支付工程款及违约金。若不及时处理，可能超过诉讼时效，丧失胜诉权。
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常见处理方式为协商、起诉。应首选协商，明确双方权益；若协商无果，则立即起诉，确保权益不受损，避免超过诉讼时效。
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不可以扣除。操作如下：1. 再次书面催告被告支付，保留证据；2. 若被告仍不理睬，准备合同、维修记录等证据；3. 委托律师起诉，要求支付工程款、违约金，并阻止被告擅自扣款。